La chiesa rupestre fu scoperta il 1 maggio 1963 dai soci del Circolo La Scaletta di Matera.
Nel 2001 la Fondazione Zétema di Matera ha avviato, con la consulenza dell'Istituto Centrale del Restauro, un progetto di recupero integrale, scientifico ed esemplare del monumento rupestre.
La Cripta è stata sottoposta per un anno a monitoraggio bioclimatico per verificare le condizioni ambientali e le rilevazioni fotometriche nei differenti periodi stagionali.
Sono state svolte indagini geologiche e geotecniche per verificare le situazioni statiche e di sicurezza del complesso grottale.
Si è provveduto all'isolamento della copertura esterna degli ipogei attraverso un capillare drenaggio delle acque e l'utilizzo di ‘cappotti' di bentonite.
È stata compiuta la integrale mappatura del degrado del vasto e differenziato ciclo pittorico.
Al fine di debellare il tessuto microbatterico che copriva gli affreschi si è provveduto con indagini diagnostiche sul biodeterioramento, il censimento dell'articolata colonizzazione biologica, la selezione dei biocidi più pertinenti per l'abbattimento delle coperture biologiche.
Per consentire il restauro della Cripta del Peccato Originale, la Fondazione Zétema ha attivato una azione progettuale finalizzata ad ottenere particolari finanziamenti, quali quelli della Presidenza del Consiglio (8/1000) e delle Fondazioni Bancarie (progetto “Sviluppo Sud” dell'ACRI, da parte della Cariplo, della Carisbo e della Casse di Risparmio di Vicenza e Vigevano).
Gli interventi eseguiti per la Cripta del Peccato Originale hanno consentito la conservazione, il restauro e la valorizzazione di un monumento ipogeo eccezionale per la sua altissima qualità e per la straordinaria valenza storica, costituendo un modello scientifico e di riferimento per la conservazione, il restauro e la gestione del vasto patrimonio rupestre regionale e nazionale.
Hanno consentito l'intervento di conservazione:
Vincenzo Dragone, Luigia Di Pede, Cataldo Dragone
Studio SDIA Progetti, Matera - progettazione e direzione lavori
Doretta Mazzeschi e la C.B.C. coop. r.l., Roma - restauro e conservazione del monumento e del ciclo pittorico
OCRA s.r.l., Matera - conservazione dipinti murali
SPACE s.r.l., Matera - impianti di energizzazione, di sorveglianza
DART s.n.c. di Silvia Gambardella & c., Roma - strutture in acrilico reticolante
FEAL, Matera - strutture in ferro
Vivai Agribiotecnica s.r.l. F.lli Dichio, Metaponto - fornitura essenze arboree, arbustive ed erbacee
Giardini di Marroccoli Giuseppe, Altamura - piantumazione e manutenzione essenze arboree, arbustive ed erbacee
‘La Riuscita' coop. r.l. , Pomarico - strutture edili e murarie
geom. Michele Cetera, direttore di cantiere
ing. Ippolito Massari, Roma - indagini microclimatiche e fotometriche
arch. Gisella Capponi, I.S.C.R. Roma - progettazione
dr. Elisabetta Giani, I.S.C.R. Roma - indagini fisiche
dr. Annamaria Giovagnoli, I.S.C.R. Roma - indagini chimiche
dr. Maria Pia Nugari, I.S.C.R. Roma - indagini di microbiologia botanica
dr. Annamaria Petrini, I.S.C.R. Roma - indagini di microbiologia botanica
Monica Cola e M.C.M. s.r.l., Roma - mappature del degrado
prof.ssa Giulia Caneva, Roma - indagini diagnostiche sul biodeterioramento
Pangea - Naturalisti Associati, Roma - indagini biologiche, biochimiche e biomolecolari
Studio Capodilupo - Vizziello, Matera - indagini geologiche
Studio Colucci - Sacco, Matera - rilievi planimetrici
Giuseppe Gambetta, Matera - indagini botaniche
Gianfranco Lionetti, Matera - indagini archeologiche
Belisario Manicone, Matera - rilievi fotografici
Antonello Di Gennaro, Matera - documentazione fotografica
Antonio Trivigno, Irsina - documentazione fotografica
VideoUno, Matera - documentazione video
Erogazioni per gli anni 2001 - 2002 dalla quota dell'otto per mille dell'IRPEF devoluta alla diretta gestione statale
Fondazione CARIPLO Milano, Fondazione CARISBO Bologna, Fondazione di Piacenza e Vigevano nell'ambito del progetto Sviluppo Sud dell'ACRI
Fondazione Zétema - Matera